Selection of ISSR molecular primers for studies of genetic diversity in Handroanthus impetiginosus (Mart. ex Dc.) mattos

Abstract

Handroanthus impetiginosus is a tree species with ecological and economic potential. Despite that, in the Brazilian market, its wood is heavily exploited in the illegal trade. Therefore, studies on genetic diversity are necessary in order to propose strategies for conservation of this species. Thus, the aim of this study was to select Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) primers for genetic diversity studies applied to the forest population of H. impetiginosus. For this, 30 ISSR molecular primers were tested in 30 individuals, evaluating the total number of loci, polymorphism rate and polymorphic information content, as well as marker index and resolving power. Eight primers were selected for having a better amplification pattern, which provided 62 loci. The polymorphic information content of the primers ranged from 0.34 to 0.49, while the marker index (MI) averaged 3.20, with resolving power (RP) of 2.40, Nei’s diversity (He) of 0.35 and Shannon index (I) of 0.52. The results show that the primers UBC 807, 809, 818, 824, 857, 860, 873 and 881 are efficient for quantifying the genetic diversity of H. impetiginosus. These results can contribute to supporting strategies aimed at the conservation of this species and selection of parent trees. Handroanthus impetiginosus é uma espécie arbórea com potencial ecológico e econômico. Apesar disso, no mercado brasileiro, a madeira é fortemente explorada no comércio ilegal. Portanto, tornam-se necessários estudos sobre diversidade genética com a finalidade de propor estratégias de conservação da espécie. Assim, o objetivo deste estudo foi selecionar iniciadores Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) para estudos de diversidade genética aplicados a população florestal de H. impetiginosus. Para isso, testaram-se 30 iniciadores moleculares ISSR em 30 indivíduos, avaliando-se o número total de loci, taxa de polimorfismo e valor de conteúdo da informação polimórfica, bem como o índice de marcador e o poder de resolução. Oito iniciadores foram selecionados por apresentarem melhor padrão de amplificação, os quais forneceram 62 loci. O valor do conteúdo de informação dos iniciadores polimórficos variou de 0,34 a 0,49, enquanto o valor do índice de marcador (MI) obteve uma média de 3,20, poder de resolução (RP) de 2,40, diversidade de Nei (He) de 0,35 e o índice de Shannon (I) de 0,52. Os resultados demonstram que os iniciadores UBC 807, 809, 818, 824, 857, 860, 873 e 881 são eficientes para a quantificação da diversidade genética de H. impetiginosus. Estes resultados podem contribuir para subsidiar estratégias que visem à conservação da espécie e seleção de árvores matrizes.